Суд Босне и Херцеговине након одржаног рочишта за разматрање споразума о признању кривице и претреса за изрицање кривичноправне санкције донио је, дана 5.1.2021. године, пресуду у предмету Емир Алишић којом је оптужени Емир Алишић оглашен кривим што је починио кривично дјело организовање терористичке групе из члана 202д. став 2. у вези са ставом 1., а све у вези с кривичним дјелом тероризам из члана 201. Кривичног закона Босне и Херцеговине. Суд је оптуженог Емира Алишића осудио на казну затвора у трајању од двије (2) године и шест (6) мјесеци. На основу одредбе члана 56. Кривичног закона Босне и Херцеговине, оптуженом се у изречену казну затвора урачунава вријеме проведено у притвору почев од 19.12.2019. године па надаље.

Оптужени Емир Алишић крив је што је 13.12.2013. године напустио Босну и Херцеговину у намјери да се придружи терористичким организацијама „Jabhet al-Nusra“, „Al-Nusrah Front“ и „ИСИЛ“, тзв. Исламске државе на подручју Сирије и Ирака, а које су на основу резолуција Савјета безбједности УН-а, дана 30.5.2013. године, означене као терористичке групе и организације. Након што је прешао границу између Републике Турске и Сирије, оптужени се придружио и постао припадник паравојне формације непознатог назива, те припадник паравојне формације тзв. једнице под називом „Бејт Командос“. Те формације су биле под окриљем ИСИЛ-а, на подручју градова Рака и Харитан, чији припадник је био од децембра 2013. до почетка 2019. године када се предао курдским снагама које су га заробиле на подручју Сирије након чега је, дана 19.12.2019. године, депортован у Босну и Херцеговину.

На основу одредбе члана 138. у вези с чланом 132. став 1. тачка а) и ц) Закона о кривичном поступку Босне и Херцеговине (ЗКП БиХ) према оптуженом Емиру Алишићу продужен је притвор из притворских разлога предвиђених чланом 132. став 1. тачка а) и ц) ЗКП БиХ, тако да исти по овом рјешењу може да трајеи најдуже девет мјесеци након изрицања пресуде, односно до 5.10.2021. године, тј. до упућивања на издржавање казне затвора.