Prvobitni Zakon o Sudu Bosne i Hercegovine, iz 2002. godine, predviđao je samo Opću/Opštu sjednicu i tri sudska odjeljenja – Krivično, Upravno i Apelaciono. No izmjenama Zakona iz 2002. i 2004. godine usložnjena je dotadašnja organizaciona struktura. Ovim izmjenama unutar postojećeg Krivičnog i Apelacionog odjeljenja uspostavljeni su novi, posebni odjeli – prvo Odjel II za organizirani kriminal, privredni kriminal i korupciju, a potom i Odjel I za ratne zločine.
Uspostavljanje novih sudskih odjela bilo je popraćeno uspostavljanjem posebnog sistema podrške novoformiranim odjelima. U decembru 2004. godine potpisan je Sporazum između Predsjedništva Bosne i Hercegovine i Visokog predstavnika za BiH kojim se uspostavlja Ured registrara kao međunarodna organizacija sa mandatom za upravljanje i pružanje podrške novouspostavljenim odjelima Suda BiH, Odjelu I i Odjelu II Krivičnog i Apelacionog odjeljenja. Odjelu III Krivičnog i Apelacionog odjeljenja i Upravnom odjeljenju podršku je nastavio pružati Zajednički sekretarijat.
Važno je istaći i veliki doprinos Međunarodne zajednice, kroz angažman međunarodnih sudija, koji su svojim iskustvom i znanjem doprinijeli izgradnji modernog i efikasnog Suda koji u svom radu primjenjuje najviše međunarodne standarde. Sud BiH je u vrlo kratkom roku uspio ne samo stvoriti potrebnu infrastrukturu i kapacitete da vodi najkompleksnije procese, već je pokazao i spremnost da vodi postupke protiv osoba optuženih za najteža krivična djela.
Priznanje profesionalnog rada i poštivanje visokih standarda u krivičnim procesima pred Sudom BiH ogleda se i u odlukama Međunarodnog krivičnog suda za bivšu Jugoslaviju, koji je, u skladu s Pravilom 11 bis, Sudu BiH na dalje postupanje ustupio šest predmeta sa 10 osumnjičenih. To su bile prve odluke o ustupanju predmeta jednom sudu u regionu, što je za Sud BiH bilo veliko priznanje.
Veoma je značajno istaći da Sud BiH ni u jednom trenutku nije zanemario upravne i parnične predmete iz svoje nadležnosti jer, zalaganjem sudija i ostalih zaposlenika na ova dva referata, Sud je uspio održati ažurnost i u ovim predmetima.
Rezultat cjelokupnog procesa je izgradnja Suda BiH u veliku i složenu instituciju koja ima 300 isključivo domaćih zaposlenika, od čega je 51 sudija.