Закон о Суду Босне и Херцеговине, који је наметнут одлуком Високог представника, усвојила је Парламентарна скупштина Босне и Херцеговине на сједници Дома народа, одржаној 25.06.2002. године и сједници Заступничког дома одржаној 03.07.2002. године. То је било неопходно учинити како би се осигурало провођење надлежности државе Босне и Херцеговине, поштивање људских права и владавине закона на њеној територији.

Првобитни Закон о Суду Босне и Херцеговине, из 2002. године, предвиђао је само Општу сједницу и три судска одјељења – Кривично, Управно и Апелационо. Но измјенама Закона из 2002. и 2004. године усложњена је дотадашња организациона структура. Овим измјенама унутар постојећег Кривичног и Апелационог одјељења успостављени су нови, посебни одјели – прво Одјел II за организовани криминал, привредни криминал и корупцију, а потом и Одјел I за ратне злочине.

Успостављање нових судских одјела било је попраћено успостављањем посебног система подршке новоформираним одјелима. У децембру 2004. године потписан је Споразум између Предсједништва Босне и Херцеговине и Високог представника за БиХ којим се успоставља Уред регистрара као међународна организација са мандатом за управљање и пружање подршке новоуспостављеним одјелима Суда БиХ, Одјелу I и Одјелу II Кривичног и Апелационог одјељења. Одјелу III Кривичног и Апелационог одјељења и Управном одјељењу подршку је наставио пружати Заједнички секретаријат.

Важно је истаћи и велики допринос Међународне заједнице, кроз ангажман међународних судија, који су својим искуством и знањем допринијели изградњи модерног и ефикасног Суда који у свом раду примјењује највише међународне стандарде. Суд БиХ је у врло кратком року успио не само створити потребну инфраструктуру и капацитете да води најкомплексније процесе, већ је показао и спремност да води поступке против особа оптужених за најтежа кривична дјела.

Признање професионалног рада и поштивање високих стандарда у кривичним процесима пред Судом БиХ огледа се и у одлукама Међународног кривичног суда за бившу Југославију, који је, у складу са Правилом 11 бис, Суду БиХ на даље поступање уступио шест предмета са 10 осумњичених. То су биле прве одлуке о уступању предмета једном суду у региону, што је за Суд БиХ било велико признање.

Веома је значајно истаћи да Суд БиХ ни у једном тренутку није занемарио управне и парничне предмете из своје надлежности јер, залагањем судија и осталих запосленика на ова два реферата, Суд је успио одржати ажурност и у овим предметима.

Резултат цјелокупног процеса је изградња Суда БиХ у велику и сложену институцију која има 300 искључиво домаћих запосленика, од чега је 51 судија.