Zakon o Sudu Bosne i Hercegovine, koji je nametnut odlukom Visokog predstavnika, usvojila je Parlamentarna skupština Bosne i Hercegovine na sjednici Doma naroda, održanoj 25.06.2002. godine i sjednici Zastupničkoga doma održanoj 03.07.2002. godine. To je bilo neophodno učiniti kako bi se osiguralo provođenje nadležnosti države Bosne i Hercegovine, poštivanje ljudskih prava i vladavine zakona na njezinom teritoriju.

Prvobitni Zakon o Sudu Bosne i Hercegovine, iz 2002. godine, predviđao je samo Opću sjednicu i tri sudbena odjeljenja – Kazneno, Upravno i Apelacijsko. No izmjenama Zakona iz 2002. i 2004. godine usložnjen je dotadašnji organizacijski ustroj. Ovim izmjenama unutar postojećega Kaznenoga i Apelacijskoga odjeljenja uspostavljeni su novi, posebni odjeli – prvo Odjel II za organizirani kriminal, gospodarski kriminal i korupciju, a potom i Odjel I za ratne zločine.

Uspostavljanje novih sudbenih odjela bilo je popraćeno uspostavljanjem posebnoga sustava potpore novoformiranim odjelima. U prosincu 2004. godine potpisan je Sporazum između Predsjedništva Bosne i Hercegovine i Visokoga predstavnika za BiH kojim se uspostavlja Ured registrara kao međunarodna organizacija s mandatom za upravljanje i pružanje potpore novouspostavljenim odjelima Suda BiH, Odjelu I i Odjelu II Kaznenoga i Apelacijskoga odjeljenja. Odjelu III Kaznenoga i Apelacijskoga odjeljenja i Upravnome odjeljenju potporu je nastavilo pružati Zajedničko tajništvo.

Važno je istaći i veliki doprinos Međunarodne zajednice, kroz angažman međunarodnih sudaca, koji su svojim iskustvom i znanjem doprinijeli izgradnji modernoga i učinkovitoga Suda koji u svome radu primjenjuje najviše međunarodne standarde. Sud BiH je u vrlo kratkome roku uspio ne samo stvoriti potrebnu infrastrukturu i kapacitete da vodi najkompleksnije procese, već je pokazao i spremnost da vodi postupke protiv osoba optuženih za najteža kaznena djela.

Priznanje profesionalnoga rada i poštivanje visokih standarda u kaznenim procesima pred Sudom BiH ogleda se i u odlukama Međunarodnoga kaznenoga suda za bivšu Jugoslaviju, koji je, sukladno Pravilu 11 bis, Sudu BiH na dalje postupanje ustupio šest predmeta sa 10 osumnjičenika. To su bile prve odluke o ustupanju predmeta jednome sudu u regionu, što je za Sud BiH bilo veliko priznanje.

Veoma je značajno istaći da Sud BiH ni u jednom trenutku nije zanemario upravne i parnične predmete iz svoje nadležnosti, jer zalaganjem sudaca i ostalih zaposlenika na ova dva referata, Sud je uspio održati ažurnost i u ovim predmetima.

Rezultat cjelokupnoga procesa je izgradnja Suda BiH u veliku i složenu instituciju koja ima 300 isključivo domaćih zaposlenika, od čega je 51 sudaca.