Zajednički sekretarijat je nadležan za upravljanje i pružanje podrške radu Odjela III Krivičnog i Apelacionog odjeljenja i Upravnog odjeljenja. Zajedničkim sekretarijatom rugovodi generalni sekretar kojem pomažu dva pomoćnika.

Zajednički sekretarijat ima slijedeće organizacione jedinice:

a) Odjeljenje za opšte administrativno-tehničke i pravne poslove – izrada opštih i pojeinačnih akata Suda, lektorski poslovi, personalni poslovi, daktilografski poslovi, informatički-tehnički poslovi, poslovi pisarnice, kurirski i drugi poslovi.

b) Odjeljenje za materijalno-finansijske poslove – izrada finansijskih planova i izvještaja, knjigovodstveni i računovodstveni poslovi i drugi materijalno-finansijski poslovi.

c) Stručna služba sudskih odjeljenja

a. Sekretarijat Odjela III Krivičnog odjeljenja – pomaže u radu sudijama tog Odjela pružanjem neposredne pravne podrške

b. Sekretarijat Upravnog odjeljenja – pomaže u radu sudijama tog Odjela pružanjem neposredne pravne podrške

c. Sekretarijat Odjela III Apelacionog odjeljenja – pomaže u radu sudijama tog Odjela pružanjem neposredne pravne podrške.