U skladu sa Zakonom i Poslovnikom Suda, Zajednički sekretarijat obavlja opšte administrativno – pravne poslove i materijalno – finansijske poslove za Sud u cjelini. Istovremeno, Zajednički sekretarijat je nadležan za pružanje stručne pravne i druge podrške sudijama Odjela III Krivičnog odjeljenja, sudijama Odjela III Apelacionog odjeljenja i sudijama Upravnog odjeljenja.  Zajedničkim sekretarijatom rukovodi generalni sekretar.

U skladu sa utvrđenim nadležnostima, u okviru Zajedničkog sekretarijata su uspostavljeni:

a) Kabinet predsjednika

U kabinetu predsjednika Suda obavljaju se pravni, informativno – tehnički, prevodilački, daktilografski i drugi stručni poslovi koji su neposredno potrebni za ostvarivanje funkcije predsjednika Suda.

b) Odjeljenje za opšte administrativno – tehničke i pravne poslove

U okviru ovog Odjeljenja se obavljaju poslovi izrade opštih i pojedinačnih akata Suda,  personalni, lektorski i drugi opšti poslovi potrebni za ostvarivanje funkcija Suda u cjelini. U okviru ovog Odjeljenja uspostavljena je i pisarna za Odjele III Krivičnog i Apelacionog odjeljenja i Upravnog odjeljenja, te se pored toga obavljaju daktilografski i informatičko – tehnički poslovi za potrebe ovih odjela.

Od jula 2010. godine svi poslovi prijema, obrade, vođenja, postupanja po spisima i otpremanja spisa vode se u posebnom elektronskom Sistemu za upravljanje predmetima (CMS). CMS je inicijalno počeo da se razvija u okviru USAID FILE projekta. Od oktobra 2006. godine VSTV u potpunosti preuzima CMS projekat, usavršava ga i postepeno implementira u svim sudovima u BiH.

Osnovne prednosti CMS sistema su:

-      Predmete sudijama u rad dodjeljuje automatski računarski program, a vodeći računa o opterećenju svakog sudije pojedinačno, čime se ostvaruje ujednačeno opterećenje sudija, a onemogućava “biranje” predmeta;

-      Povećava se transparentnost rada Suda budući da su strankama odmah dostupni broj predmeta i ime sudije, a u kasnijoj fazi implementacije stranke će moći svom predmetu da pristupe i elektronski;

-      Povećava se efikasnost i efektivnost rada - sudija je odmah obaviješten o svakom novom dokumentu u predmetu koji mu je dodijeljen; informacije o svim predmetima se mogu jednostavno i brzo pronaći i pregledati;  sudija u samom sistemu daje naloge pojedinim zaposlenim i u svakom trenutku kroz sistem može  pratiti njihovu realizaciju; sudijama, ali i svim drugim zaposlenim dostupni su standardizirani sudski obrasci, čime se ubrzava rad i postiže veća standardizacija rada;

-      Unaprijeđuje se upravljanje Sudom budući da rukovodioci u svakom trenutku mogu iz elektronske baze podataka povući informacije i statističke izvještaje po različitim parametrima i za različite izvještajne periode.

c) Odjeljenje za materijalno – finansijske poslove

U okviru Odjeljenja se obavljaju poslovi izrade finansijskih planova i izvještaja, izvršenja budžeta, nadzora nad izvršenjem budžetskih rashoda, knjigovodstveni i računovodstveni poslovi, poslovi obračuna plaća, javnih nabavki i svi drugi materijalno – finansijski poslovi nužni za ostvarivanje funkcija Suda u cjelini.

d) Sekretarijati

U okviru Zajedničkog sekretarijata uspostavljena su tri posebna sekretarijata za pružanje stručne i administrativno – tehničke podrške sudijama Odjela III Krivičnog i Apelacionog odjeljenja i Upravnog odjeljenja, i to: 

-          Sekretarijat Odjela III Krivičnog odjeljenja,

-          Sekretarijat Upravnog odjeljenja i

-          Sekretarijat Odjela III Apelacionog odjeljenja.

    Sekretarijat Odjela III Krivičnog odjeljenja

Neposrednu pravnu podršku u radu sudija pružaju sekretar Odjela III Krivičnog odjeljenja, pravni savjetnici koji učestvuju u izradi nacrta sudskih odluka, te proučavaju propise koji se na konkretan slučaj imaju primijeniti, izučavaju stručnu literaturu, zauzete pravne stavove, pravna shvatanja, kao i donesene načelne stavove i načelna mišljenja koja se odnose na pravna pitanja koja se postavljaju u konkretnom slučaju, čime se olakšava i unapređuje rad u predmetima.

U nadležnosti Odjela III je i obavljanje poslova izvršenja krivičnih sankcija za sve odjele  Krivičnog i Apelacionog odjeljenja Suda BiH, koje poslove obavlja stručni saradnik za izvršenje krivičnih sankcija, te referenti – specijalisti za izvršenje krivičnih sankcija i evidentiranje privremeno oduzetih predmeta.

    Sekretarijat Upravnog odjeljenja

Stručnu podršku sudijama u Upravnom odjeljenu pružaju sekretar Upravnog odjeljenja, pravni savjetnici i stručni saradnik pripremnog postupka. Stručno osoblje Upravnog odjeljenja Suda BiH pruža stručnu pravnu pomoć sudijama i vijećima u uspostavljanju sudske prakse, pomaže pri izradi nacrta odluka Suda, provodi opsežna istraživanja o složenim pravnim pitanjima, te pruža druge vidove pravne pomoći.

    Sekretarijat Odjela III Apelacionog odjeljenja

Stručnu podršku sudijama u Odjelu III Apelacionog odjeljena pružaju sekretar Odjela, pravni savjetnici i stručni saradnik pripremnog postupka. Stručno osoblje Odjela III Apelacionog odjeljenja Suda BiH pruža stručnu pravnu pomoć sudijama i vijećima u uspostavljanju sudske prakse, pomaže pri izradi nacrta odluka Suda, provodi opsežna istraživanja o složenim pravnim pitanjima, te pruža druge vidove pravne pomoći.