Регистрар руководи Канцеларијом регистрара Одјела I и Одјела II Кривичног и Аплеационог одјељења и надлежан је, у сарадњи с предсједником Суда, за управљање и пружање услуга административне, правне и друге подршке Одјелу I и Одјелу II Кривичног и Апелационог одјељења.
Канцеларија регистрара има сљедеће организационе јединице:
- Административно одјељење – пружа административну подршку раду Одјела I и Одјела II укључујући ИТ услуге, услуге превођења и осталу практичну подршку.
- Правно одјељење – под директним надзором предсједника Суда пружа стручну помоћ судијама и вијећницима Одјела I и Одјела II у обављању њихових дужности прописаних законом.
- Одјељење за судску управу – управља дневним активностима у циљу несметаног функционисања рада Суда.
- Одјељење за информисање јавности (ПИОС) – одговорно је за контакте Суда с медијима као и за сваки други вањски контакт јавне природе.
- Одјељење за подршку свједоцима – пружа практичну и, кад је потребно, психолошку подршку свједоцима током свједочења на Суду.
- Одјељење за информационо-комуникационе технологије – управља, одржава и унапређује информациони и телекомуникациони систем (ИКС), те у том смислу ствара сигурније и квалитетније услове рада.
- Одјељење за унутрашњу контролу
