Registrar rukovodi Uredom registrara Odjela I i Odjela II Kaznenoga i Apleacijskoga odjeljenja i nadležan je, u suradnji s predsjednikom Suda, za upravljanje i pružanje usluga administrativne, pravne i druge potpore Odjelu I i Odjelu II Kaznenoga i Apelacijskoga odjeljenja.

Ured registrara ima sljedeće organizacijske jedinice:

1. Administrativno odjeljenje – pruža administrativnu potporu radu Odjela I i Odjela II uključujući IT usluge, usluge prevođenja i ostalu praktičnu potporu.
2. Pravno odjeljenje – pod izravnim nadzorom predsjednika Suda pruža stručnu pomoć sucima i vijećnicima Odjela I i Odjela II u obavljanju njihovih dužnosti propisanih zakonom.
3. Odjeljenje za sudbenu upravu – upravlja dnevnim aktivnostima u cilju nesmetanoga funkcioniranja rada Suda.
4. Odjeljenje za informiranje javnosti (PIOS) – odgovorno je za kontakte Suda s medijima kao i za svaki drugi vanjski kontakt javne naravi.
5. Odjeljenje za potporu svjedocima – pruža praktičnu i, kada je potrebno, psihološku potporu svjedocima tijekom svjedočenja na Sudu.
6. Odjeljenje za informacijsko-komunikacijske tehnologije – upravlja, održava i unapređuje informacijski i telekomunikacijski sustav (IKS), te u tom smislu stvara sigurnije i kvalitetnije uvjete rada.
7. Odjeljenje za unutarnju kontrolu